アトラスからニンテンドー3DS用ソフト「新・世界樹の迷宮 ミレニアムの少女」が2013年6月27日に発売されることが分かった。価格は6,279円（税込）。
本作は同ゲームブランドのダンジョンRPG「世界樹の迷宮」の新展開として発売されるタイトルとなる。シリーズの第1作の世界観などを再構成し、新ストーリーを描いたものになる。キャストは鳥海浩輔、伊瀬茉莉也、伊藤静、小野大輔、豊永利行。
